De estilo moderno el templo actual de original diseño se debe al arquitecto pamplonés Víctor Eusa. Tiene planta poligonal de forma romboidal, vestíbulo de acceso en uno de los lados y cabecera macrocéfala estrellada, que alude a las estrellas anunciadoras del lugar en que se encortraba enterrada la imagen. El recinto resulta grato y luminoso merced a su cubierta ligera de madera, con interna central hexagonal, así como por sus amplios ventanales que perforan los muros revestidos de ladrillo de su cabecera.
Delante de la Basílica se extiende un patio barroco del siglo XVIII que seguramente se realizaría alrededor de 1783. El pórtico de planta cuadrangular consta de un paño central resuelto en un cuerpo de sillar con triple arcada de medio punto -la central rebajada- sobre columnas, y un segundo cuerpo de ladrillo con balcón central, flanqueado por ventanas rectangulares.
Por su parte las alas laterales constan de dos cuerpos, el primero de sillar con puerta en el centro y el segundo de ladrillo con vanos adintelados. Sobre la parte central del pórtico se alza una espadaña barroca de ladrillo con dos vanos de medio punto entre pilastras y frontón triangular de remate. Cierra el patio una decorativa reja del siglo XVIII, también barroca, con gran sol central que rodea las letras AE (AVE).
Observaciones: Situado en una colina que domina el antiguo Barrio de Lizarra. El nombre del Puy proviene de su localización en «lo alto» que en ocasiones adopta las variante de Poyo o Pueyo. Parece verosímil que esta advocación mariana la trajeran los francos peregrinos de Santiago de Compostela, asentados en la ciudad desde antiguo, ya que en Francia contaba con gran devoción.
Según la tradición la imagen de la Virgen del Puy, enterrada al conquistar los moros la Península, fue descubierta alrededor de 1085 por unos pastores de Abárzuza y al enterarse el Rey Sancho Ramírez del hallazgo mandó construir en ese paraje un templo en su honor.
Las primeras referencias históricas corresponden a la segunda mitad del siglo XII, fecha en que el obispo de Pamplona, Pedro de Artajona, concede a «los Sesenta Cofrades de Estella, llamados Cofrades de Santiago» la iglesia de Nuestra Sra. del Puy, con derecho a elegir su capellán y ser enterrados allí si lo quisieran. El obispo sería cofrade, consejero y protector de la cofradía. En 1323 se disuelve la mencionada cofradía volviendo la Basílica a poder real. El priorato del Puy lo conservaron los reyes de España hasta que en 1895 la reina regente María Cristina renunció a él en beneficio del obispo de Pamplona.
Hubo una nueva iglesia en época barroca (s. XVII y XVIII) de la que se conservan algunas de sus dependencias.
Construida en los años 1949-1951. El templo actual de original diseño se debe al arquitecto pamplonés Víctor Eusa. Tiene planta poligonal de forma romboidal y cabecera macrocéfala estrellada, que alude a las estrellas anunciadoras del lugar en que se encontraba enterrada la imagen
