Al sur de Tierra Estella-Lizarraldea, el río Ebro discurre majestuoso abriendo un amplio valle donde se asientan localidades como Mendavia, Sesma, Lerín, Lodosa, Sartaguda, Cárcar, Andosilla y San Adrián, las grandes poblaciones de la Ribera Estellesa.
El Ebro es el segundo río más largo y caudaloso de la Península Ibérica, por detrás del Tajo y por delante del Duero. Discurre enteramente por España, donde ocupa la primera posición entre los ríos que nacen y desembocan netamente en este país, tanto por su longitud como por su caudal.
Recorre el extremo nororiental de la Península Ibérica, a través del valle que lleva su nombre, situado en una depresión. Sigue una dirección noroeste-sureste, desde los Picos de Europa (Cordillera Cantábrica), donde tiene su origen, hasta el Mar Mediterráneo, en el que vierte formando el Delta del Ebro.
El río tiene una longitud total de 930 km. Su cuenca hidrográfica es la más extensa de España, con una superficie de 83.093 km2. Ésta se distribuye, además de por este país, por Andorra y Francia.
El Ebro atraviesa las comunidades autónomas españolas de Cantabria (donde nace), Castilla y León, La Rioja, Navarra, Aragón y Cataluña (donde desemboca); y a la del País Vasco pertenecen varios tramos de su orilla izquierda. Además de éstas, también la Comunidad Valenciana, Andorra y Francia poseen territorios incluidos en la cuenca del Ebro.
Por el límite sur de la Comarca de Tierra Estella el Ebro discurre por las localidades de Mendavia, Lodosa, Sartaguda y Andosilla. Pueblos ribereños situados en la orilla y que han vivido y siguen viviendo fundamentalmente de la rica agricultura de sus vegas y de una floreciente industria de transformación agraria.
El Ebro es en todos estos pueblos, algo más que un recurso económico de primer orden. Es un recurso también naturalístico y de ocio. Los sotos que pueblan las orillas son, con frecuencia, interesantes refugios de aves y otra fauna menor.
Pero a la vez el Ebro permite interesantes paseos por su orilla, o pequeñas excursiones en barca desde los embarcaderos habilitados en la orilla. El Ebro es, sin duda, uno de los atractivos más singulares de Tierra Estella-Lizarraldea.
El río Ega es el afluente más importante de la zona del río Ebro, y discurre casi por completo por Navarra.
Nace en Álava, cerca de Lagrán, tierra que vuelve a cruzar a la altura de Santa Cruz de Campezo, donde se le suman las aguas del río Izki. Siguiendo su curso, y en suelo alavés, recibe las aguas del río Istora Galbarra y, volviendo a Navarra, la de los arroyos de Galbarra y Lazagorría. Cerca de las localidaddes de Abáigar y Labeagase le suman el Ubaria, el Sardegi y Zelaieta. Llegando a Estella-Lizarra recibe al río Urederra, y pasada Estella-Lizarra, al río Irantzu. Desemboca en el río Ebro en la localidad navarra de San Adrián.
De 113 kilómetros drena una superficie de 1.497 km², de los que 416 corresponden a la provincia de Álava.
El caudal medio del río Ega, a su paso por Estella-Lizarra, es de 13,76 m³/s, lo que representa un aporte anual de 476 hm³.
La localidad de Estella-Lizarra, situada a ambas orillas de su principal meandro, es conocida como «La ciudad del Ega«, y en el cauce que discurre por la misma se pueden encontrar varias bandadas de patos y gansos, que se han convertido en otro aliciente turístico de la ciudad.
